אזור קנקון היה מיושב כבר בתקופת המאיה, עת נקרא האזור "ניסוק" - שמשמעו "נקודת עשב". לאחר הכיבוש הספרדי של אימפריית המאיה נהרגו מרבית תושבי האזור כתוצאה ממחלות, ונותרו כפרים קטנים באי מוחרס ובאי קוסומל.

מקורו של השם "קנקון" במאה ה-18, והוא מופיע לראשונה במפות מתקופה זו (לעתים כ-Cankun או Kankun). משמעות המילה בשפת המאיה הוא "קן הנחשים".

עד 1970 היה האי קנקון נטוש. ב-23 בינואר 1970 החלו עבודות פיתוח במטרה להקים במקום אתר נופש. המימון לפיתוח ניתן על ידי ממשלת מקסיקו ונבנו באתר תשעה מלונות ברמה בינלאומית. המלון הראשון שניתן עבורו מלון הוא מלון האייט קנקון קאריב (Hyatt Cancun Caribe), אולם המלון הראשון שהושלם הוא מלון פלאיה בלאנקה (Playa Blanca, לימים מלון בלו ביי, וכיום Temptation Resort).